Saint Louis mourut près de Tunis à la dernière croisade, le 25 août 1270, un peu plus d’un mois après avoir débarqué, dans l’intention naïve d’aller convertir le sultan du lieu, Al-Mostançir. Beaucoup ont à l’esprit qu’il est décédé de peste, mais rien n’indique qu’il s’agisse de peste bubonique, d’autant qu’il mourut en toute lucidité. Le terme « peste » ou « pestilence » désignait n’importe quelle maladie infectieuse. Les témoins oculaires attestent seulement une diarrhée continue, à tel point qu’il fallut lui couper les chausses (espèce de caleçon long). Le roi souffrait depuis longtemps de diarrhée bacillaire, en dernier lieu à la croisade précédente et il faillit déjà en mourir en 1244.
L’atavisme n’y était peut-être pas étranger : son père Louis VIII avait souffert de « flux de ventre », avec forte fièvre, et son fils aîné Louis fut emporté en 1260 par un mal de ventre foudroyant. Le 21 août 1270, Pierre de Condé atteste que « le roi est atteint de diarrhée sans fièvre (de ce que l’on dit), Philippe (le Hardi) est atteint de fièvre avec diarrhée », de même qu’un autre de ses fils, le comte de Nevers, qui en mourut le 3 août. Selon le chroniqueur Guillaume de Dangis, réputé très fiable, l’armée était incapable de combattre en raison des ravages de l’épidémie de « diarrhée » et il lui fallait absolument respirer « un air salubre », car il était persuadé que tout le mal provenait de « la corruption de l’air par les charognes ». Des historiens ont émis l’hypothèse du choléra ou du typhus. Puisque l’armée fut décimée en raison de l’eau rare et polluée par la décomposition des cadavres des militaires des deux armées tués au combat (G. Sivéry), il nous faut conclure une fois pour toutes que le roi est plus que vraisemblablement mort du typhus.